Remove código morto, eliminar console.log e deduplicate catálogo de parâmetros
- Remove solve.js (código morto que referenciava globais inexistentes) - Remove console.log de PSO.run() e comentários de debug - Exporta parameterCatalog, modelParameters e getParamDisplayInfo de search.js - index.html passa a importar esses símbolos em vez de redefiní-los Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
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@ -253,7 +253,7 @@
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</div>
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<script type="module">
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import { main } from "./src/search.js";
|
||||
import { main, parameterCatalog, modelParameters, getParamDisplayInfo } from "./src/search.js";
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||||
const measurementUnits = {
|
||||
time: "h",
|
||||
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@ -267,117 +267,6 @@
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`cells (${measurementUnits.cells})`,
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];
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const parameterCatalog = {
|
||||
K_S: {
|
||||
latex: "K_S",
|
||||
unitText: "g/L",
|
||||
unitLatex: "\\mathrm{g\\,L^{-1}}",
|
||||
overrides: {
|
||||
contois: {
|
||||
unitText: "g_S/g_X",
|
||||
unitLatex: "\\frac{\\mathrm{g}_{S}}{\\mathrm{g}_{X}}",
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
mu_max: {
|
||||
latex: "\\mu_{max}",
|
||||
unitText: "h⁻¹",
|
||||
unitLatex: "\\mathrm{h^{-1}}",
|
||||
},
|
||||
K_I: {
|
||||
latex: "K_I",
|
||||
unitText: "g/L",
|
||||
unitLatex: "\\mathrm{g\\,L^{-1}}",
|
||||
overrides: {
|
||||
aiba: {
|
||||
unitText: "L/g",
|
||||
unitLatex: "\\mathrm{L\\,g^{-1}}",
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
m_S: {
|
||||
latex: "m_S",
|
||||
unitText: "g_S/(g_X·h)",
|
||||
unitLatex: "\\frac{\\mathrm{g}_{S}}{\\mathrm{g}_{X}\\,\\mathrm{h}}",
|
||||
},
|
||||
Y_XS: {
|
||||
latex: "Y_{XS}",
|
||||
unitText: "g_X/g_S",
|
||||
unitLatex: "\\frac{\\mathrm{g}_{X}}{\\mathrm{g}_{S}}",
|
||||
},
|
||||
T: {
|
||||
latex: "T",
|
||||
unitText: "h",
|
||||
unitLatex: "\\mathrm{h}",
|
||||
},
|
||||
n: {
|
||||
latex: "n",
|
||||
unitText: null,
|
||||
unitLatex: null,
|
||||
},
|
||||
};
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||||
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||||
const modelParameters = {
|
||||
aiba: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "K_I", bounds: [0.01, 1] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
andrews: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "K_I", bounds: [5, 150] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
bergter: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "T", bounds: [5, 80] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
contois: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
monod: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
moser: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
{ key: "n", bounds: [0.8, 2.5] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.0015, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
tessier: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.2, 0.9] },
|
||||
{ key: "m_S", bounds: [0.005, 0.05] },
|
||||
{ key: "Y_XS", bounds: [0.3, 0.7] },
|
||||
],
|
||||
};
|
||||
|
||||
function getParamDisplayInfo(paramKey, modelKey) {
|
||||
const baseInfo = parameterCatalog[paramKey];
|
||||
if (!baseInfo) {
|
||||
throw new Error(`Unknown parameter: ${paramKey}`);
|
||||
}
|
||||
const override = baseInfo.overrides?.[modelKey];
|
||||
if (!override) {
|
||||
return baseInfo;
|
||||
}
|
||||
return { ...baseInfo, ...override };
|
||||
}
|
||||
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||||
const demoData = [
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||||
dataHeader,
|
||||
[0, 3.0, 0.05],
|
||||
|
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@ -44,12 +44,7 @@ export class PSO {
|
|||
run(c1, c2, w, iteration) {
|
||||
for (let i = 0; i < iteration; i++) {
|
||||
this.update(c1, c2, w);
|
||||
// console.log(i, "/", iteration, "\t", this.err_best_g);
|
||||
}
|
||||
|
||||
console.log(this.pos_best_g);
|
||||
// console.log(this.err_best_g)
|
||||
// console.table(this.pos)
|
||||
}
|
||||
|
||||
update(c1, c2, w) {
|
||||
|
|
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|||
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@ -13,7 +13,7 @@ import {
|
|||
} from "./conhecidos.js";
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||||
import "https://cdn.plot.ly/plotly-2.29.1.min.js";
|
||||
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||||
const parameterCatalog = {
|
||||
export const parameterCatalog = {
|
||||
K_S: {
|
||||
latex: "K_S",
|
||||
unitText: "g/L",
|
||||
|
|
@ -63,7 +63,7 @@ const parameterCatalog = {
|
|||
},
|
||||
};
|
||||
|
||||
const modelParameters = {
|
||||
export const modelParameters = {
|
||||
aiba: [
|
||||
{ key: "K_S", bounds: [0.005, 2] },
|
||||
{ key: "mu_max", bounds: [0.05, 0.9] },
|
||||
|
|
@ -112,7 +112,7 @@ const modelParameters = {
|
|||
],
|
||||
};
|
||||
|
||||
function getParamDisplayInfo(paramKey, modelKey) {
|
||||
export function getParamDisplayInfo(paramKey, modelKey) {
|
||||
const baseInfo = parameterCatalog[paramKey];
|
||||
if (!baseInfo) {
|
||||
throw new Error(`Unknown parameter: ${paramKey}`);
|
||||
|
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|||
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@ -1,45 +0,0 @@
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|||
function solve(tf, Ks, mu_max, m_S, Y_XS, X0, S0) {
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||||
let res = 5000;
|
||||
let timeArray = [];
|
||||
for (let i = 0; i <= res; i++) {
|
||||
timeArray[i] = (i * tf) / res;
|
||||
}
|
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|
||||
let sol = RK4(model, timeArray, [X0, S0], [Ks, mu_max, m_S, Y_XS]);
|
||||
let cels = [];
|
||||
let subs = [];
|
||||
for (let i = 0; i < sol.length; i++) {
|
||||
cels[i] = sol[i][0];
|
||||
subs[i] = sol[i][1];
|
||||
}
|
||||
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||||
TESTER = document.getElementById("tester");
|
||||
Plotly.newPlot(
|
||||
TESTER,
|
||||
[
|
||||
{
|
||||
x: timeArray,
|
||||
y: subs,
|
||||
name: "Calculated substrate",
|
||||
line: { color: "#4a90e2" },
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
x: timeArray,
|
||||
y: cels,
|
||||
name: "Calculated cells",
|
||||
line: { color: "#50e3c2" },
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
{
|
||||
margin: { t: 10, b: 30 },
|
||||
paper_bgcolor: "#f0f4f8",
|
||||
plot_bgcolor: "#f0f4f8",
|
||||
legend: {
|
||||
orientation: "h",
|
||||
yanchor: "top",
|
||||
y: -0.2,
|
||||
font: { size: 10 },
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
);
|
||||
}
|
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